Jemaah Pengelola MTMF ialah badan tertinggi yang membentuk dasar, strategi dan hala tuju Maahad Tahfiz Manzil Furqan (MTMF). Di samping itu, terdapat Jemaah Muafakat Ibubapa dan guru untuk mencadangkan dan membahaskan kewajaran dasar- dasar, strategi serta program yang dilaksanakan oleh MTMF.

Jemaah Muafakat juga membantu untuk pembangunan MTMF dari pelbagai  sudut seperti idea, kewangan, program dan sebagainya. Jemaah pengelola dan Jemaah Muafakat ini ibarat tulang belakang MTMF.

Sudah tentulah Jemaah Tadbir Manzil Furqan yang terdiri daripada Pengetua dan Penolong-penolong pengetua dibentuk untuk mengurus dan melaksanakan keputusan-keputusan  yang dibuat oleh Jemaah Pengelola dan Jemaah Muafakat.

HIAREKI PENTADBIRAN MTMF SEPERTI DI BAWAH:

(1) JEMAAH PENGELOLA MTMF: (5 ORANG)

(2) JEMAAH PENTADBIRAN MTMF (5 ORANG)

(3) GURU-GURU (15 ORANG)

(4) PARA PELAJAR (120 ORANG)